Hopfen ist ein wesentlicher Bestandteil des Brauprozesses und verleiht dem Bier seine charakteristische Bitterkeit und sein Aroma. Die meisten modernen Hopfensorten sind Hybride aus europäischen und nordamerikanischen Hopfensorten. Allerdings ist bisher unklar, wie sich die verschiedenen Abstammungslinien auf den Gehalt an Bittersäuren, dem wichtigsten Merkmal in der Hopfenzüchtung, auswirken. In dieser Studie berichten wir über chromosomengenaue, haplotypenaufgelöste Genomassemblierungen der hybriden Hopfensorte Apollo, ordnen europäische und nordamerikanische Abstammungslinien im gesamten Genom zu und identifizieren unterschiedliche Ausprägungen der Rekombinationsunterdrückung zwischen Chromosomen beider Herkunft. Anuf Grundlage dieser Referenz decken wir genetische und chemische Unterschiede in den zentralen Bitterstoff-Stoffwechselwegen zwischen europäischem und nordamerikanischem Hopfen auf. Darüber hinaus zeigen wir, dass vorteilhafte Allele aus beiden Herkunftslinien additive Effekte auf den Bitterstoffgehalt haben. Diese Erkenntnisse schaffen eine wichtige Grundlage für eine genomgestützte Hopfenzüchtung.